保稅區是一國海關設置的或經海關批準注冊、受海關監督和實行封閉管理的區域，具有進出口加工、國際貿易、保稅倉儲商品展示等功能，實行“境內關外”的運作方式。國內貨物從境內進入保稅區，視為出口；外國商品從境外進入保稅區，不必繳納進口關稅，但如果要進入關境則需交納關稅。請注意，這里的“境內關外”并不是完全意義上的關外，只是在進口關稅和通關上按照“境內關外”的運作方式，即不對區內的外國貨物征收進口關稅，區內貨物進出口都實行便利的通關措施等。除此之外，海關和其他行政機構對保稅區內的其他經營活動仍有監管權。
出口加工區狹義指某一國家或地區為利用外資，發展出口導向工業，擴大對外貿易，以實現開拓國際市場、發展外向型經濟的目標，專為制造、加工、裝配出口商品而開辟的特殊區域，其產品的全部或大部供出口。海關對其實施封閉管理。從名稱可以看出，出口加工區的功能比較單一，主要是開展出口加工業務，在加工區內的企業生產的最終產品，基本上都是直接出口的。
與保稅區相比，二者都實行封閉管理，都是部分意義上“境內關外”，不同點在于二者的定位和功能不同，最大不同之處在于，出口加工區實行入區即退稅，而保稅區需貨物出境后才能辦理退稅。
保稅物流園區是指經國務院批準，在保稅區規劃面積或者毗鄰保稅區的特定港區內設立的、專門發展現代國際物流業的海關特殊監管區域。同樣，從名稱可以得出，其定位是實現“貨物的快速集拼和流動”，包括存儲進出口貨物及其他未辦結海關手續貨物、對所存貨物開展流通性簡單加工和增值服務、進出口貿易及轉口貿易、國際采購、分銷和配送、國際中轉、檢測、維修、商品展示、和經海關批準的其他國際物流業務，但不得開展商業零售、加工制造、翻新、拆解及其他與園區無關的業務。從功能上分析，保稅物流園區其實是為了解決保稅區內的貨物物流問題，類似于共享單車解決公共交通與居住之處最后一公里的問題，物流園區為保稅區的貨物順利實現進出口提供協助服務，但政策上更優惠，物流園區針對出口到國外的貨物，實行入區退稅，而保稅區則要求貨物出境退稅。
跨境工業區是指經國務院批準設立的海關特殊監管區域，實行保稅區政策，與工業區外之間進出貨物在稅收方面實行出口加工區政策，其目的是為了吸引人流、物流、資金流、技術流、信息流等各種生產要素聚集，加快該區域的發展。珠澳跨境工業區，是我國第一個跨境工業區，包括珠海園區和澳門園區，其中珠海園區實行保稅區+出口加工區兩套優惠政策，而澳門境內的澳門園區則按照澳門作為單獨關稅區以及自由港的政策。
保稅港區是指經國務院批準，設立在國家對外開放的口岸港區和與之相連的的特定區域內，具有口岸、物流、加工等功能的海關特殊監管區域。其功能包括倉儲物流，對外貿易，國際采購，分銷配送，國際中轉，檢測和售后服務維修，商品展示，研發、加工、制造，港口作業等9項功能。保稅港區糅合了保稅區，出口加工區，以及保稅物流園區的功能，是功能合一的集大成者，功能和政策優勢更突出，也實行入區退稅政策。保稅港區按照部分的“境內關外”進行監管。
綜合保稅區是設立在內陸地區的具有保稅港區功能的海關特殊監管區域，由海關參照有關規定對綜合保稅區進行管理，執行保稅港區的稅收和外匯政策，可以發展國際中轉、配送、采購、轉口貿易和出口加工等業務。實際上就是參照保稅港區設立的內陸的“無水港區”。
以上海關特殊監管區域，都具備保稅的基礎功能，都實施封閉管理，并且都實施“一線放開，二線管住”的監管模式，“一線”是指監管區與國境外的通道，境外貨物可以自由進出監管區域，區內貨物也可以自由進出國境，不受海關管轄；“二線”是指自貿區與關境的通道，區內的貨物進入關境內，關境內的貨物進入區內，都要受到海關的監管，需要繳納相應關稅。
既然海關特殊監管區域實施“一線放開，二線管住”，那么作為容納了多個監管區域的自貿區是否也實施同樣的管制制度？上海自貿區的范圍涵蓋上海市外高橋保稅區、外高橋保稅物流園區、洋山保稅港區和上海浦東機場綜合保稅區、金橋出口加工區等七個區域，包含了多種海關特殊監管區域。根據《中國（上海）自貿試驗區總體方案》的規定，上海自貿區也推進實施“一線放開”和“二線安全高效管住”的監管模式，允許企業憑進口艙單將貨物直接入區，再憑進境貨物備案清單向主管海關辦理申報手續，優化卡口管理，加強電子信息聯網，通過進出境清單比對、賬冊管理、卡口實貨核注、風險分析等加強監管。在《中國（廣東）自由貿易試驗區總體方案》中，同樣采用了“一線放開”和“二線安全高效管住”的監管模式。
從以上分析可得，海關特殊監管區，從保稅區逐步發展到保稅港區和綜合保稅區，功能不斷豐富和完善，直至今日，發展成為包含有多重經濟貿易功能的自由貿易試驗區，自貿區容納了多種特殊監管區，從某種程度上說，各種海關特殊監管區域都屬于自貿區的范疇，都具有保稅的基礎功能，都實施部分的“境內關外”，以及“一線放開，二線管住的”監管模式。
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